Documentation

Current version: 1.0.0 juillet 2020

Python version:Python 3.7 Source:https://github.com/Zygnematophyce/CLINICAL_METAGENOMICS.

Qu’est-ce que le projet CLINICAL METAGENOMICS ?

CLINICAL METAGENOMICS est un ensemble de programmes de bio-informatique adaptés à la détection de pathogènes dans un échantillon clinique de NGS.

Il permet :

1. Le téléchargement des librairies de séquences.
2. La création et l’indexation des bases de données de références.
3. L’analyse des résultats de l’échantillon NGS.

Actuellement …

Guide d’utilisation et référence

• 1. Installation
  • 1.1. Télécharger le projet sur GitHub
  • 1.2. Création de l’environnement conda
  • 1.3. Activation de l’environnement conda
  • 1.4. Les messages d’erreurs
• 2. Vue d’ensemble
  • 2.1. Étape de prétraitement
  • 2.2. Création des bases de données de références
  • 2.3. Étape de classification
  • 2.4. Étape d’analyse des résultats
• 3. Quick Start
  • 3.1. L’architecture d’un projet
• 4. Tutoriel
  • 4.1. Le prétraitement des reads
  • 4.2. Le téléchargement de la base de données FDA-ARGOS
  • 4.3. Le téléchargement de la base de données Mycocosm
  • 4.4. Le téléchargement de la base de données FungiDB
  • 4.5. Le téléchargement de la base de données RefSeq
  • 4.6. L’indexation d’une base de données avec Kraken 2
  • 4.7. Classification des reads avec Kraken 2
  • 4.8. Création d’une base de données avec la suite BLAST+
  • 4.9. Classification des reads avec la suite BLAST+

Indices and tables

• Index
• Index du module
• Page de recherche