1. Installation

L’installation du projet est facilitée par l’utilisation de Conda.

Conda est un gestionnaire de paquets, il permet de créer son propre environnement virtuel contenant les logiciels nécessaires au fonctionnement du pipeline de métagénomique (exemple Kraken 2, la suite blast-plus, etc.). Pour créer un environnement conda à partir du fichier yaml (metagenomic_env.yml) :

1.1. Télécharger le projet sur GitHub

Télécharger le projet

git clone https://github.com/Zygnematophyce/CLINICAL_METAGENOMICS.git

1.2. Création de l’environnement conda

Pour créer un environnement conda à partir du fichier yaml (metagenomic_env.yml) :

conda env create -f metagenomic_env.yml

Pour supprimer définitivement l’environnement :

conda env remove -n metagenomic_env

Note

De manière générale, une fois l’environnement conda installé on ne le supprime pas à chaque fois. La dernière ligne de commande est à titre d’information dans le cas ou vous voulez supprimer définitivement l’environnement conda.

1.3. Activation de l’environnement conda

Pour activer l’environnement conda :

conda active metagenomic_env

Pour désactiver l’environnement conda :

conda deactivate

1.4. Les messages d’erreurs

Dans certains cas, des messages d’erreurs peuvent survenir.

Avertissement

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use “conda activate”. To initialize your shell, run $ conda init <SHELL_NAME>

Dans ce cas et pour les distributions Linux, exécuter la commande suivante dans un terminal.

echo -e "export -f conda\nexport -f __conda_activate\nexport -f __conda_reactivate\nexport -f __conda_hashr\nexport -f __add_sys_prefix_to_path" >> ~/.bashrc

Ensuite, ouvrir un nouveau terminal.